Link Vit sur une île céleste appelée Skyloft. Zelda dans cet épisode est une ami d'enfance de Link. Aujourd'hui, Link doit participer à une course de vol à dos d'oiseau(l'oiseau de Link sera très important dans cet opus) organiser par le père de Zelda,Gaepora, directeur de l'école de vol de Link et érudit de l'histoire et des légendes de Skyloft. La récompense et le but de cette course nous est encore inconnu. Il est confronté à un adversaire du nom de Groose. Finalement il gagne la course mais un malheur arrive et Zelda tombe dans le monde qui se trouve en dessous des îles céleste. Link part donc sauver Zelda dans le monde en dessous (peut-être Hyrule) à l'aide de Fi, l'esprit de la Skyward Sword, qui va l'aider à former la Master Sword. A partir de là c'est plutôt flou au niveau du scénario. On sait juste que Ghirahim,un démon, serait un méchant important du jeu. On sait aussi que Zelda n'est pas vraiment capturer, qu'elle jouera un rôle important dans l'aventure et que Link aura un nouvel instrument, une Harpe.
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