Notre histoire commence alors que le jeune Link, fatigué des combats qu'il a menés par le passé, erre sans but dans une mystérieuse forêt envahie de brume. Son fidèle destrier Epona l'accompagne, et Link commence à sombrer dans un sommeil surnaturel lorsque soudain... un être étrange apparaît, semblable à un épouvantail. Le petit être étrange nommé Skull Kid laisse échapper un rire et s'empare du précieux ocarina de notre héros. Il s'échappe ensuite avec Epona, mais Taya, l'une des fées qui l'accompagne, se fait distancer et se résout à rester avec Link. On apprend très vite que le personnage mystérieux est possédé par le masque de Majora qu'il a volé au vendeur de masques, une relique qui possèderait un pouvoir maléfique, capable de détruire le monde de Termina. C'est transformé en Mojo que Link va devoir tout d'abord retrouver son ocarina, et tenter de trouver un moyen de sauver ce monde destiné à disparaître dans 72 heures.
A la recherche de l'ocarina
Guidez Link jusqu'au vendeur de masque, en sautant de fleur en fleur à l'aide du pouvoir Mojo, récupérez les noix Mojo dans le coffre, et entrez dans le tronc d'arbre. Montez les marches pour rencontrer le vendeur de masques, et sortez par la porte à double battants. Vous n'avez alors plus que 72 heures pour retrouver l'ocarina. Premier objectif, aller consulter la fée dans la grotte située dans la zone nord de Bourg-Clocher. Vous aurez alors la surprise de voir ladite fée éclatée en plusieurs morceaux. Allez chercher la fée égarée dans le lavoir au sud-ouest (sautez sur l'eau pour la récupérer) et ramenez-la dans la grotte pour obtenir le pouvoir de la Blasto-Bulle et votre première jauge de magie. Votre deuxième objectif consiste à obtenir le code qui vous permettra d'accéder à l'observatoire. Sortez de la grotte, et faites exploser le ballon bleu pour que le gamin vous lance un défi. Au passage, vous pouvez commencer à acheter des plans au lutin juste à côté pour vous repérer plus facilement dans Bourg-Clocher. Vous devrez alors retrouver les cinq garnements avant le lendemain matin pour obtenir le fameux code. Deux d'entre eux se cachent dans la zone nord, l'un derrière les herbes et l'autre derrière l'arbre. Dans la zone est, montez les marches pour faire descendre le gamin qui plane avec sa poule, et chopez-le en bas. Toujours dans cette zone, plongez dans la fleur pour atterrir sur le toit de l'auberge et attrapez le quatrième gamin. Récupérez le dernier dans la zone ouest, près de la maison du facteur. Vous obtenez alors le code qu'il vous faudra donner au bomber situé au nord-est. Vous devrez refaire tout cela lorsque vous aurez retrouvé votre apparence normale pour obtenir le journal des bombers. Faufilez-vous alors jusqu'à l'observatoire en évitant la Skulltulla et en détruisant le ballon à l'aide d'une Blasto-Bulle. Parlez à l'astronome pour regarder dans le télescope, et zoomez sur le sommet de l'horloge. Vous verrez d'abord Skull Kid, puis la larme de lunetomber de l'oeil de la comète. Allez la récupérer à l'extérieur en passant par la petite porte, et revenez dans la zone sud de Bourg-Clocher. Approchez-vous de la fleur pour faire venir la peste Mojo et donnez- lui la larme de lune pour qu'elle vous laisse sa propriété ainsi qu'un titre de terre. Utilisez la fleur pour accédez à l'entrée du clocher et récupérez le fragment de coeur. Vous devrez maintenant attendre jusqu'à la veille du carnaval, à minuit le troisième jour, pour que la porte du clocher veuille bien s'ouvrir. Skull Kid vous attend à l'intérieur et vous nargue d'en haut. Clouez-lui le bec avec une Blasto-Bulle bien placée (ne le ciblez pas) et récupérez l'ocarina avant la fin du compte-à-rebours. Jouez vite le Chant du Temps que le souvenir de la princesse Zelda vous aura remémoré, pour revenir à l'aube du premier jour, et allez voir le vendeur de masques en prenant la porte à double battants. Il vous apprendra le Chant de l'Apaisement qui vous redonnera votre apparence normale, ainsi que le masque Mojo. Le vendeur de masque sera furieux quand il réalisera que vous n'avez pas rapporté le masque de Majora. A partir de maintenant, vous pouvez ralentir le temps (C-Bas, A, C-Droite, C-Bas, A, C-Droite) ou sauter directement à l'intervalle de 6 heures suivant (C-Droite, C-Droite, A, A, C-Bas, C-Bas) avec votre Ocarina. Revenez chercher la fée égarée pour que la grande fée vous donne Le masque des Grandes Féess si vous allez la voir avec l'apparence de Link, frappez la statue de hibou avec votre épée pour créer un point de téléportation, et allez récupérer le masque de Brème en parlant au musicien du lavoir la nuit. Sauvegardez votre partie avec le Chant du Temps et préparez-vous à partir vers le premier palais.
