Faites maintenant demi-tour à l'entrée de cette salle, utilisez un bâton Mojo en le plaçant sur la torche allumée puis sur la torche éteinte de l'autre côté de la pièce (utilisez les plates-formes et faites vite avant que le bâton ne soit consummé) afin de l'allumer, la porte s'ouvre. Ressortez donc de cette salle, vous voici de retour dans la pièce centrale de l'arbre. Regardez au centre de ce passage circulaire et éliminez la Skulltula avec votre épée lorsqu'elle se tourne et vous expose son ventre. Approchez-vous maintenant du trou circulaire et regardez en bas. Localisez bien l'énorme toile d'araignée située en bas au centre de la pièce et sautez dans le vide pour retomber dessus. La violence de la chute la détruit, vous passez au travers et arrivez dans une nouvelle zone. Par chance vous tombez dans de l'eau, le choc est sans gravité. Allez un peu sur la gauche et grimpez sur la plate-forme. Examinez cette pièce, vous repérez trois Skulltulas, et l'une d'entre elles semble différente : en effet il s'agit d'une Skulltula d'or, elles sont très rares (au nombre de cent dans le jeu) et lorsque vous les tuez vous obtenez un emblème, symbole de votre victoire. Vous pourrez plus tard, grâce à ces emblèmes obtenir des bonus intéressants. Commencez donc par éliminer ces trois Skulltulas (pensez à prendre l'emblème une fois la Skulltula d'or exterminée) puis actionnez l'interrupteur situé sur l'autre plate-forme. Une torche s'allume, sortez un bâton Mojo et allumez-le. Faites maintenant demi-tour sur la plate-forme précédente (attention à marcher là où l'eau est peu profonde pour ne pas éteindre le bâton), allez vite sur la gauche et mettez le feu à la toile d'araignée bloquant la porte (si elle ne prend pas feu au contact du bâton, donnez-en un coup dessus). La porte est maintenant accessible, franchissez-la. Vous voici dans une nouvelle salle, éliminez l'ennemi (même méthode que précédemment) et récupérez l'indice, puis sortez votre lance-pierres, visez l'oeil gris situé au-dessus de la porte de sortie et tirez-lui dessus : la porte s'ouvre, passez dans la salle suivante. La nouvelle pièce est nettement plus dangereuse, avancez un peu et sautez dans l'eau (ne vous occupez pas de la plate-forme mouvante à la surface de l'eau). Nagez jusqu'à ce que vous soyez sous l'obstacle au centre de la pièce (la boule avec les pics), plongez et actionnez l'interrupteur : le niveau de l'eau baisse. Faites maintenant très rapidement demi-tour à l'entrée de la salle et sautez sur le radeau. Ce dernier vous permet de traverser la pièce en passant sous l'obstacle (attention toutefois à être assez rapide, vous devez faire cela avant que le niveau de l'eau ne soit remonté). Maintenant que vous avez traversé la pièce, avancez tout doucement, une Skulltula apparait, tuez-la. Avancez encore jusqu'au bloc situé en face de vous et poussez-le tout à droite. Grimpez dessus et franchissez la porte. Eliminez rapidement les trois ennemis puis allumez tout aussi vite les trois torches pour que la porte se débloque (attention les trois torches doivent toutes les trois être allumées pour que la porte s'ouvre). Localisez ensuite les deux toiles d'araignées dans la salle suivante, et faites brûler celle qui bloque l'accès à un petit passage (un monstre se cache derrière l'autre). Avancez le long de ce petit tunnel, ouvrez la porte et vous revoici dans une salle que vous avez déjà visitée (toutefois l'endroit où vous vous trouvez était auparavant inaccessible). Avancez un peu et poussez le bloc dans l'eau. Utilisez ce bloc pour gagner la plate-forme en face, sortez un bâton Mojo et allumez-le grâce à la torche. Faites demi-tour sur la plate-forme précédente (en passant par le bloc dans l'eau) et utilisez le bâton Mojo pour mettre feu à la toile d'araignée située au niveau du sol (frappez-la avec le bâton). La toile d'araignée brûlée, sautez dans le passage ainsi dégagé, vous voilà au niveau inférieur. Ramassez les quelques coeurs si nécessaire pour récupérer des points de vie et avancez un peu. Trois petits arbustes Mojo apparaissent, et vous attaquent. Eliminez-les dans l'ordre suivant : 2-3-1 (cet indice vous a été donné par un autre arbuste Mojo éliminé précédemment) et la porte s'ouvre. Quittez cette salle en passant par la nouvelle porte, vous arrivez dans la salle du boss de ce donjon, une terrible araignée nommée Gohma. Son point faible est son oeil, il va donc falloir concentrer vos attaques en ce point. Commencez par utiliser votre lance-pierres pour tirer sur cet oeil afin d'assommer Gohma, puis donnez-lui autant de coups d'épée que possible avant qu'elle ne reprenne ses esprits. Si vous ne parvenez pas à la tuer lors du premier assaut elle ira se réfugier en hauteur et pondra des mini-araignées.

Répétez alors la procédure précédente pour la faire tomber et la toucher (prenez garde à exterminer les mini-araignées auparavant) jusqu'à sa mort. Ceci étant fait, prenez la réserve de vie (votre énergie vitale augmente d'un coeur) puis placez-vous sur la lumière pour être téléporté. Petit entretien avec l'arbre Mojo qui, après vous avoir remercié et remis l'émeraude de la forêt, vous conte l'histoire de la création du monde et vous parle des mauvais pressentiments qu'il a sur l'avenir d'Hyrule. L'entretien terminé, vous devez maintenant aller trouver la princesse Zelda au château d'Hyrule. L'arbre Mojo, protecteur de la forêt, a maintenant quitté ce monde ; retournez donc à la forêt Kokiri.