Une vidéo se déclenche et le combat contre Ganondorf commence. Ce combat est très simple, restez sur la plate-forme faisant le tour de la salle et renvoyez les boules de lumière que vous envoie Ganondorf, il s'agit là d'un véritable ping-pong et il vous faut tenir jusqu'à ce que Ganondorf commette une erreur. Alors assommé par la boule de lumière il tombe sur la plate-forme centrale, sautez dessus et frappez-le avec l'épée Biggoron. 5-6 coups d'épée suffisent, c'est à dire qu'avec un peu de chance vous pouvez le tuer en un seul assaut. Si ce n'est pas le cas répétez l'opération. Une nouvelle vidéo se déclenche et Ganondorf, dans un dernier élan de colère, déclenche le processus d'écroulement du donjon, vous avez 3 minutes pour fuir avec la princesse Zelda. Suivez simplement le chemin en évitant les rochers tombant sur le sol (repérez-les à leur ombre) et en tuant les monstres lorsque cela est nécessaire seulement. Le temps qui vous est imparti est largement suffisant, vous devriez atteindre le bas du donjon en 2 minutes tout au plus.
Une fois en bas une nouvelle vidéo se déclenche, le château s'écroule. Tout est bien qui finit bien ? Pas exactement, un bruit étrange se fait entendre dans les décombres et attire votre attention. Approchez-vous de la source de ce bruit, une séquence se déclenche et Ganon (Ganondorf dans sa forme primitive) apparaît. Il est temps de livrer le dernier combat. Il s'agit de viser la queue de Ganon à l'aide de flèches de lumière. Le problème est que Ganon se déplace de plus en plus vite, il est donc difficile de le contourner. Pour parer à cela, passez entre ses jambes en effectuant une roulade puis décochez rapidement une flèche. Répétez cela jusqu'à sa mort.
Une nouvelle vidéo se déclenche, Hyrule est sauvé, félicitation!
