C'est un Ganon transformé en pantin que vous allez affronter en premier lieu. Restez à distance, et coupez tous les fils qui le retiennent à l'aide du boomerang. Le fil qui maintient la queue nécessite deux coups. Lorsque tous les fils ont été coupés, vous devez viser manuellement l'extrémité de sa queue avec une flèche de lumière. La rapidité de ses mouvements rend cette manoeuvre peu évidente. Malheureusement, c'est loin d'être fini.

BOSS : Ganon Araignée (Alter Ganon)
Le boss reste la majeure partie du temps au plafond pour tenter de vous écraser. Vous devez donc d'une part éliminer rapidement les chauves-souris qu'il vous envoie afin de récupérer si possible des fioles de magie, puis courir pour éviter de vous faire écraser. Vous n'avez alors qu'un très court instant pour viser son oeil avec une flèche de lumière. Il faut donc attendre le moment opportun où vous vous retrouverez juste à côté, en repérant sa position à l'aide de son reflet dans l'eau. Trois flèches suffiront à en venir à bout.

BOSS : Ganon Ver (Alter Ganon)
Ganon se transforme ensuite en une sorte de chenille qui fonce de façon imprévisible dans toute la pièce, selon le même schéma de déplacement que les vers de A Link to the Past. En clair, il est extrêmement difficile de viser avec précision la queue du ver, ce qui risque de vous faire perdre beaucoup de magie, à moins de le ralentir à l'aide d'une bombe. Encore une fois, il faudra que trois flèches de lumière touchent au but pour le vaincre. Attendez qu'il passe très près de vous pour anticiper le passage de la queue. Avec un minimum de chance, le combat peut tout de même se terminer très rapidement.

Maintenant que la voie est libre, activez le chaudron et hissez-vous en haut de la corde rouge. Levez le nez pour apercevoir une prise pour le grappin-griffe. Hissez-vous tout en haut à l'aide de votre propre corde, puis recommencez la manoeuvre sur la prise située plus haut. Explosez le couvercle du chaudron, activez-le, et progressez lentement le long des planches pour vous approcher suffisamment de la sortie. De là, utilisez le second grappin pour atteindre l'ouverture.

BOSS : Ganon
Le moment de la confrontation finale avec Ganon est arrivé. Le combat commence mal avec un Link qui a toujours la mauvaise idée de perdre son épée au mauvais moment. Heureusement, Daphnès Nohansen Hyrule fait une intervention inattendue et est le premier à formuler son voeu devant le Triangle d'Or. Mais Ganon, fou d'orgueil, engage le combat. Dans la première partie de cet affrontement, vous devez esquiver les attaques de Ganon et aller le frapper lorsque Zelda, qui a récupéré l'arc de Link au passage, envoie une flèche de lumière pour paralyser Ganon. Sachez que vous pouvez envoyer le grappin-griffe sur Zelda pour récupérer des coeurs. Mais celui-ci finit par mettre Zelda hors de combat, et vous devez vous débrouiller seul pour le frapper. Le mieux est de garder ses distances tout en attendant le moment opportun pour placer une contre-attaque spéciale. Le moment propice survient lorsqu'il termine son enchaînement, mais il y a tout de même une certaine probabilité pour que votre contre-attaque loupe l'ennemi. Avec un peu de persévérance, vous arrivez à gagner suffisamment de temps pour que la princesse Zelda reprenne ses esprits. Mais vous constatez vite que Ganon évite sans problème les flèches envoyées par la jeune fille.